Sau khi Yekaterina lên ngôi Nữ hoàng, nhân vật nắm quyền cai trị thật sự là Menshikov. Một năm sau khi Pyotr Đại đế qua đời, ông thiết lập Hội đồng Cơ mật Tối cao để "giảm gánh nặng quản trị nhà nước của Lệnh Bà." Sáu thành viên ban đầu của Hội đồng gồm – cả Menshikov – có quyền lực gần như là quân vương, kể cả quyền ban hành nghị định. Menshikov chi phối Hội đồng giống như ông đã chi phối Thượng Nghị viện vốn giờ đây đã bị cắt bớt quyền hạn. Mỗi khi có sự chống đối trong khi họp Hội đồng, ông chỉ việc đứng lên và tuyên bố rằng ý kiến mà ông phát biểu chính là ý của Nữ hoàng.

Menshikov tỏ ra thận trọng khi đề ra chính sách. Ông hiểu rằng nông dân đang chịu gánh nặng của thuế khóa, nên ông nói với Nữ hoàng: "Nông dân và quân đội giống như linh hồn và cơ thể; ta không thể mất cái này mà được cái kia." Theo đó, Yekaterina đồng ý giảm một phần ba thuế thân, cùng lúc cắt giảm một phần ba lực lượng quân sự. Hơn nữa, triều đình xóa nợ cho mọi khoản thuế còn tồn đọng. Nhưng Menshikov không nắm quyền tuyệt đối. Quận công Karl Friedrich của Holstein-Gottorp, con rể của Yekaterina, được bổ nhiệm vào Hội đồng Cơ mật Tối cao dù bị Menshikov chống đối.

Ekaterina qua đời vì bệnh 2 năm 3 tháng sau khi lên ngôi. Khi sắp qua đời, bà chỉ định cháu nội của Pyotr Đại đế, Đại vương công Pyotr Alekseyevich, là người kế vị, với toàn thể Hội đồng Cơ mật Tối cao làm phụ chính. Hai công chúa Anna lúc này lên 17 và Elizaveta lên 16 cũng được cử làm phụ chính.

Điều nghịch lý ở chỗ Alexeevich, niềm hy vọng của giới quý tộc cũ và phe bảo thủ, được lên ngôi tức Hoàng đế Pyotr II là do Menshikov sắp đặt. Dĩ nhiên, động lực của ông chỉ đơn thuần là do ích kỷ. Trong khi Yekaterina còn sống, Menshikov tính toán cơ may của hai cô con gái của bà, Anna và Yelizaveta so với cơ may của Pyotr II, rồi đi đến kết luận là cậu hoàng tử này có triển vọng nhất. Vì thế, ông quay sang ủng hộ Pyotr II và vận dụng uy quyền của mình để thuyết phục Yekaterina nghe theo ý của ông: chỉ định Pyotr II lên ngôi, cử hai công chúa làm phụ chính. Và Menshikov cũng không quên gia đình mình. Trước đó, ông đã xin Yekaterina đồng ý cho hoàng đế tương lai 11 tuổi cưới con gái Maria của ông 16 tuổi.

Việc Menshikov thình lình quay sang ủng hộ Pyotr II khiến các đại thần cũ khác của Pyotr Đại đế kinh ngạc và lo âu. Nhất là Pyotr Andreyevich Tolstoy: ông này hiểu rõ rằng Hoàng đế Pyotr II sẽ tìm cách làm hại ông để báo thù cho việc ông đã dẫn dụ người cha từ Napoli về để nhận cái chết. Tolstoy kêu gọi đến các thành viên khác của Hội đồng Cơ mật Tối cao, nhưng không được ủng hộ mấy, vì nhiều người muốn chờ để nghe ngóng tình hình. Chỉ có Anthony Devier, em rể của Menshikov, và Tướng Ivan Buturlin, Tư lệnh Cảnh vệ, là chống đối Menshikov. Nhưng đã quá muộn. Ekaterina đang hấp hối, và Menshikov đã điều người thân tín của mình làm việc chung quanh bà khiến cho những người khác không thể tiếp xúc với bà. Rồi ông trả đũa: Devier bị đánh roi rồi đày đi Xibia, Tolstoy bị điều đến một hòn đảo trên Biển Bắc và sống ở đây cho đến khi qua đời năm 1729, hưởng thọ 84 tuổi.

Một khi Ekaterina đã qua đời và cậu hoàng đế trẻ Pyotr II được tấn phong, Menshikov hành động nhanh chóng để gặt hái thành quả. Một tuần sau lễ tấn phong, Pyotr II bị bắt buộc phải rời Cung điện Mùa đông để đến sống trong dinh thự của Menshikov. Hai tuần sau, Pyotr II cử hành hôn lễ với Maria. Những người cùng phe với Menshikov, thuộc hai dòng họ quý tộc mới Dolgoruky và Golitsyn, được cử vào Hội đồng Cơ mật Tối cao.

Andrei Ivanovich Osterman bây giờ nhận thêm trách nhiệm là gia sư của Hoàng đế. Cậu học trò không chú ý đến sách vở mà chỉ thích cưỡi ngựa và săn bắn. Khi Osterman tỏ ý trách móc, cậu hoàng đế 11 tuổi đã tỏ tư cách cứng cỏi: "Ông Andrei Ivanovich thân yêu, ta mến ông, và với chức vụ Bộ trưởng Ngoại giao ông là người thiết yếu, nhưng ta phải yêu cầu ông trong tương lai đừng chen vào thú tiêu khiển của ta." Thân cận với Pyotr II gồm có ba người: chị gái Natalia lớn hơn 1 tuổi, dì Yelizaveta 18 tuổi chỉ thích vui chơi mà không màng đến việc nước, và Hoàng thân Ivan Dolgoruky 18 tuổi.

Trong mùa hè 1727, một mình Menshikov ngự trên đỉnh cao quyền lực; có lẽ còn chuyên chế hơn ngay cả Pyotr Đại đế. Ông là nhà cai trị của nước Nga mà không ai dám chống đối, cộng thêm địa vị là cha vợ của Hoàng đế: mọi quân vương của Nga trong tương lai sẽ mang một phần dòng máu của ông. Nhận thấy địa vị của mình dã được vững chắc, Menshikov trở nên táo tợn: ban hành mệnh lệnh một cách kiêu ngạo, ngăn chặn khoản tiền được chuyển đến cho Hoàng đế và khiển trách cậu bé, lấy đi cái đĩa bạc mà Pyotr II đã tặng cô chị Natalia. Cảm thấy cay cú, cậu bé nói với Menshikov một cách đe dọa: "Chúng ta sẽ xem ai là hoàng đế: ông hay là tôi."